Christoph Kolumbus starb am 20. Mai 1506 in Valladolid. Seine sterblichen Überreste blieben in Sevilla, bis Doña Maria de Toledo sie zusammen mit denen ihres Gemahls, Don Diego Kolumbus nach Santo Domingo zurückbrachte, wo sie auf seinen Wunsch hin begraben werden sollten.
1586 wurde Santo Domingo vom Piraten Sir Francis Drake geplündert. Wegen der britischen Habsucht ordnete der Bischof der Kathedrale an, die Inschriften aller Grab-Gedenktafeln unkenntlich zu machen, um so die Schändung der Gräber zu verhindern.
1795 tritt Spanien durch den Vertrag von Basel auch den Ostteil an Frankreich ab. Zur gleichen Zeit reiste eine Kommission nach Santo Domingo, um die Urne von Christoph Kolumbus nach Kuba zu überführen, da der Admiral auf Spanischem Boden ruhen solle.
1877 bei Ausbesserungen an der Kathedrale, war das Erstaunen des Paters Francisco Javier Billini gross, als er am 10. September eine bleierne Urne mit folgender Aufschrift fand: "Der Erlauchte Herr Don Christoph Kolumbus, Erster Admiral von Amerika."
Der Fund wurde In Gegenwart vom Kabinett, akkreditierten Diplomaten sowie kirchlich und militärischen Obrigkeiten beurkundet. Heute sind die sterblichen Überreste im Faro a Colón begraben.